Точечные мутации

Пример №1.

Детекция замены 3256C→T (при использовании обратного праймера для сиквенса -  G→A).

Как следует из гистограммы, позиция Т1 является контрольной и в 100% случаев представлена тимином в митохондриальной ДНК человека (согласно данным NCBI, Human genome resources). При 100% нормальных митохондриальных геномов с нуклеотидом G в данной позиции размер пика A2 на теоретической гистограмме будет 0 ед. и пика G3 - 1 ед.; при 100% мутантных геномов с нуклеотидом A в данной позиции – 0 ед. G3 и 1 ед. A2. Для подсчета процента гетероплазмии мутантного аллеля мы принимаем сумму исследуемых пиков за 1 единицу, а затем подсчитываем процент гетероплазмии пика A2.

При анализе образца ДНК из сосудистой ткани 29-летнего мужчины размер пика A на практической пирограмме был равен 0,84; а размер пика G - 3,05. Сумма пиков составила 3,89, что было принято за 1 ед. теоретической пирограммы. Подставляем значения в формулу. Рассчитываем процент гетероплазмии по замене C3256T:

Пример №2.

Точечную мутацию A1555G можно определить по пикам нуклеотидов G и A, располагающимися в анализируемой последовательности под номерами 2  и 3, соответственно. По данным компьютерной программы, при 100% нормальных геномов (G/G) пики G2 и A3 составляют по 1 единице, а при 100% геномов с мутацией (A/A) пик A3 составляет 2 единицы, а пик G2 – 0 единиц. Таким образом, сумма величин пиков G2 и  A3 составляет 2 единицы. Расчитываем величину пика, составляющего 1 единицу, подставляем значения в формулу. Процент гетероплазмии по мутации A1555G в образце ДНК, взятом из интимы аорты 70-летней женщины, оказался равен 27%.